Au mois de novembre 1871 se tient le procès des «communards de Narbonne» à Rodez. Émile Pouget est impressionné par les déclarations d’Émile Digeon « chef provisoire » qui est acquitté. 
En 1879, il fonde le premier syndicat des employés du textile. Il représente les anarchistes français au congrès international de Londres de 1881.

Émile Pouget participe avec Louise Michel au meeting des « sans travail » du 9 mars 1883. Trois boulangeries sont pillées sur le parcours de la manifestation.Les forces de l’ordre interviennent.
Arrêté, il est jugé le 21 juin et condamné à 8 ans de réclusion pour « pillage à main armée ».

Amnistié en 1886, Pouget fait paraître Le Père Peinard le 24 février 1889. Un journal qui s’attache à éveiller les consciences ouvrières en dénonçant l’illusion de la lutte politique. Il prône l’action directe, la grève générale comme instruments de lutte préalables à la révolution. L’application des « lois scélérates » de 1894 met fin au journal avec le n°253. Après l’assassinat du président Sadi Carnot, le 24 juin 1894, la répression s’abat sur les milieux anarchistes.

Pouget émigrera en Angleterre avec sa compagne Stéphanie Boiteux jusqu'en 1895. A la faveur d'une amnistie, il rentre en France. Le Père Peinard reparaîtra en 1896.

En 1900, Il prend en charge l'organe de presse de la CGT, La Voix du Peuple.
Émile Pouget sera élu secrétaire adjoint de la CGT en novembre 1901. Le Secrétaire général, Victor Griffuelhes, et lui organisent des campagnes de revendications sur la journée de huit heures, et le repos hebdomadaire.

Stéphanie Boiteux « La mère Peinard » décède le 29 juillet 1904. La charte d'Amiens qui affirme l’autonomie syndicale vis-à-vis des partis politiques est adoptée par la CGT en octobre 1906. Pouget a contribué à sa rédaction.

Le 30 juillet 1908, Emile Pouget est arrêté avec les secrétaires des syndicats la CGT. Ils sont accusés d'avoir organisé les grèves de Draveil et de Villeneuve-Saint-Georges.
Il tente de lancer un quotidien syndicaliste révolutionnaire en 1909 : {La Révolution}. Le titre cessera faute de moyens financiers. Émile Pouget publiera des articles et des brochures militantes jusqu'en 1913.
Ensuite, il se retirera du mouvement syndicaliste. Émile Pouget meurt le 21 juillet 1931 à Lozère (Seine-et-Oise).